Fundado por Ley del primer Congreso de la República el 28 de julio de 1823, el Museo Nacional de Colombia es el más antiguo de los museos del país y uno de los más antiguos de América. Durante casi dos siglos se ha consagrado a la conservación y divulgación de testimonios representativos de los valores culturales de la Nación.

Abrió sus puertas al público el 4 de julio de 1824, fecha en que el vicepresidente, general Francisco de Paula Santander lo declaró oficialmente creado. El Museo Nacional se instaló inicialmente en la Casa Botánica, la cual albergaba la colección de historia natural reunida por José Celestino Mutis y cuidaban sus discípulos; con el transcurso del tiempo a estas piezas se sumaron otras de carácter arqueológico, histórico y artístico.

(Sala de Banderas)

A lo largo de su historia, el Museo Nacional de Colombia ha ocupado diversas sedes. Desde su fundación y hasta 1842 ocupó la antigua Casa Botánica -hoy desaparecida-; de 1845 a 1913, el edificio de la Aulas -actual Museo de Arte Colonial-; de 1913 a 1922, el Pasaje Rufino Cuervo -hoy desaparecido-; de 1922 a 1944, el edificio Banco Pedro A. López -hoy Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural-; y de 1948 hasta la fecha, las instalaciones de la antigua Penitenciaría Central de Cundinamarca, conocida como “Panóptico”. La Penitenciaría, diseñada por el arquitecto constructor Thomas Reed en la década de 1850 y construida a partir del 1 de octubre de 1874, fue la prisión más importante del país durante casi 72 años. Sin embargo, en 1946 los presos fueron trasladados a la nueva Cárcel de la Picota y el gobierno destinó el edificio para albergar el Museo Nacional.

Restaurado y adecuado bajo la dirección de los arquitectos Manuel de Vengoechea y Hernando Vargas Rubiano, fue inaugurado como sede del Museo Nacional el 2 de mayo de 1948. Dado que el edificio reúne valores arquitectónicos e históricos de tal belleza y solidez, el gobierno lo declaró Monumento Nacional el 11 de agosto de 1975.

Entre los años 1989 y 2001 se adelantó el Proyecto de Restauración Integral del Edificio, que culminó el primer semestre del 2001 y fue inaugurado oficialmente el  28 de julio con la apertura de la totalidad de las salas de exhibición del Museo.

Actualmente, las Unidades Administrativas Especiales, Museo Nacional de Colombia e Instituto Colombiano de Antropología e Historia (Icanh), dependientes ambas del Ministerio de Cultura, son las encargadas de la administración, conservación y difusión de las colecciones que integran el Museo.
 
En el año 2008, el Museo Nacional de Colombia celebra 185 años de existencia.